Het Markiezenhof ontstond aan het eind van de Middeleeuwen, na een aantal verbouwingen en uitbreidingen van het middeleeuwse hof van de heren van Bergen op Zoom. Jan van Glymes II en III, vader en zoon en beiden heer van Bergen op Zoom, gaven hiervoor de opdracht. Het geslacht van Glymes was eind vijftiende eeuw in hoog aanzien gekomen en deze status kwam terug in het paleisachtige karakter van het Markiezenhof.

In de loop der eeuwen is de functie van het complex meerdere keren gewisseld. Vanaf 1485 tot 1727 deed het Markiezenhof dienst als adellijk woonpaleis van de heren en later markiezen van Bergen op Zoom. Zij leefden voor korte of langere perioden in hun eigen stadspaleis in de stad. Eveneens vanaf 1485 was het Markiezenhof het bestuurscentrum van het Markiezaat, zelfs tot 1795. Het gebouw deed dienst als militair hospitaal in de periode 1795-1819 en daarna tot 1957 als kazerne.

Nadat in 1968 werd besloten om het gebouw open te stellen voor publiek door er een museum in te vestigen, onderging het Markiezenhof een ingrijpende renovatie. Het gebouw had geleden onder de vele jaren dat er een kazerne in gevestigd was. De renovatie, voltooid in 1987, bracht het stadspaleis terug in de grandeur van weleer. Het museum werd geopend in 1987, waarna de zalen van het stad- en regiomuseum in 2009 opnieuw werden vormgegeven. Een jaar eerder waren al de achttiende-eeuwse stijlkamers volledig gerestaureerd.